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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Arachis hypogaea , Cultivated Peanut , ラッカセイ, ナンキンマメ

Arachis hypogaea

Genome Assembly ID:t3818.G002

配列名:Tifrunner.gnm2.J5K5

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Tifrunner.gnm2.J5K5 系統名 cv. Tifrunner
配列数 442 染色体数 2n = 4x = 40
配列長 (bp) 2,557,413,415 N50長 (bp) 135,027,066
遺伝子の数 67,150 遺伝子数由来ファイル arahy.Tifrunner.gnm2.ann1.4K0L.protein_primaryTranscript.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 67,150 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, Illumina, Hi-C 取得した配列量 48.25x
アセンブリ方法 MECAT v. 2017-07, Arrow v. 2017-07, 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント The detail of the changes from version 1 to version 2 is described in README.J5K5.yml file and https://peanutbase.org/peanut_genome_v1_v2. Arachis hypogaea cv. Tifrunner is a runner-type peanut (registration number CV-93, PI 644011) with resistance to several peanut diseases like the leaf spot and TSWV/spotted wilt.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 David J. Bertioli (University of Georgia), Scott A. Jackson (ditto), Jeremy Schmutz (HudsonAlpha Institute of Biotechnology) データソース名 PeanutBase
論文 (DOIコード) 10.1038/s41588-019-0405-z データソースURL https://peanutbase.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.1%[S:13.4%,D:85.7%],F:0.4%,M:0.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.9%[S:10.4%,D:85.5%],F:0.9%,M:3.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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