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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Oryza glaberrima , African rice , イネ アフリカ種, アフリカイネ

Oryza glaberrima

Genome Assembly ID:t4538.G001

配列名:Oryza_glaberrima_V1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Oryza_glaberrima_V1 系統名 IRGC96717
配列数 1,951 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 316,419,574 N50長 (bp) 23,192,814
遺伝子の数 33,164 遺伝子数由来ファイル Oryza_glaberrima.Oryza_glaberrima_V1.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 33,164 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 454 取得した配列量 30x
アセンブリ方法 NA 推定ゲノムサイズ (Mb) 411
シーケンシングの方法のコメント NA コメント International Rice Germplasm Collection (IRGC) accession #96717, var. CG14
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Rod A Wing (University of Arizona), Mingsheng Chen (Chinese Academy of Sciences), Klaus F X Mayer (Helmholtz Center Munich), Mingsheng Chen (Chinese Academy of Sciences) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.3044 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:88.4%[S:86.0%,D:2.4%],F:2.1%,M:9.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:84.7%[S:79.2%,D:5.5%],F:4.1%,M:11.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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