Plant GARDEN 使い方 ▶︎

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SNP , Variant , バリアント , 多型 , Oryza sativa , Rice, Indica rice, Japonica rice, Nagina-22, N22 , イネ, イネ インディカ亜種, イネ ジャポニカ亜種, イネaus亜種N22

Oryza sativa
ID 集団名 解析個体
リスト
変異の
種類
参照配列 配列の種類 SNP数 データ作成者 コメント ダウンロード TASUKE+ JBrowse
Vcf
file

t4530.SNP000001

Oryza_sativa_SRA_99_lines_20191107

SNPs, In/dels

IRGSP-1.0

WGS

3,904,077

Plant GARDEN

Bwa/bcftools 1.9, (QUAL≥200, 10≤DP≤200, max-missing=0.7)

t4530.SNP000002

Oryza_rufipogon_NBRP_43_lines_20210615

SNPs, In/dels

IRGSP-1.0

WGS

1,022,814

Plant GARDEN

DRAGEN, (QUAL≥30, 10≤DP≤100,GQ≥20, max-missing=0.7)