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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Aegilops tauschii subsp. strangulata , Tausch's goatgrass (ssp. Strangulata) , タルホコムギ (Strangulata亜種)

Aegilops tauschii

Genome Assembly ID:t37682.G002

配列名:Aet v5.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Aet v5.0 系統名 subsp. strangulata,, cv. AL8/78
配列数 109,197 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 4,218,179,011 N50長 (bp) 576,238,907
遺伝子の数 58,655 遺伝子数由来ファイル GCF_002575655.2_Aet_v5.0_protein.faa.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 58,655 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 BioNano optical maps 取得した配列量 NA
アセンブリ方法 Bionano Assembler 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Mis-assemblies in version Aet v4.0 (line95) were corrected with optical maps and gaps were closed using contigs (10.1101/gr.213405.116) assembled from whole-genome-shotgun (WGS) PacBio reads. Assembly revision: BioNano optical maps; Gap closing: PacBio.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Jan Dvorak (University of California Davis) データソース名 NCBI
論文 (DOIコード) 10.1093/g3journal/jkab325 データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:94.6%,D:4.7%],F:0.4%,M:0.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.3%[S:73.7%,D:25.7%],F:0.2%,M:0.5%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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