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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Brassica rapa subsp. pekinensis , Chinese cabbage , ハクサイ (pekinensis亜種)

Brassica rapa

Genome Assembly ID:t3711.G001

配列名:Brapa_sequence_v3.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Brapa_sequence_v3.0 系統名 subsp. pekinensis, inbred line Chiifu-401-42, Chinese cabbage
配列数 1,103 染色体数 2n = 2x = 20
配列長 (bp) 353,140,194 N50長 (bp) 28,928,902
遺伝子の数 46,250 遺伝子数由来ファイル Brapa_genome_v3.0_pep.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 46,250 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, BioNano, Hi-C 取得した配列量 30x
アセンブリ方法 Canu v1.5, BWA v0.7.15, Pilon v1.22 推定ゲノムサイズ (Mb) 443
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Chinese Cabbage, accession Chiifu-401-42
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Hongkun Zheng (Biomarker Technologies Corporation), Xiaowu Wang (Chinese Academy of Agricultural Science) データソース名 BRAD: Brassica Database
論文 (DOIコード) 10.1038/s41438-018-0071-9 データソースURL http://brassicadb.cn
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:84.8%,D:14.5%],F:0.2%,M:0.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.0%[S:84.3%,D:13.7%],F:0.5%,M:1.5%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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