配列名:Brapa_sequence_v3.0
ゲノム配列名 | Brapa_sequence_v3.0 | 系統名 | subsp. pekinensis, inbred line Chiifu-401-42, Chinese cabbage |
配列数 | 1,103 | 染色体数 | 2n = 2x = 20 |
配列長 (bp) | 353,140,194 | N50長 (bp) | 28,928,902 |
遺伝子の数 | 46,250 | 遺伝子数由来ファイル | Brapa_genome_v3.0_pep.fasta |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 46,250 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio, BioNano, Hi-C | 取得した配列量 | 30x |
アセンブリ方法 | Canu v1.5, BWA v0.7.15, Pilon v1.22 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 443 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Chinese Cabbage, accession Chiifu-401-42 |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Hongkun Zheng (Biomarker Technologies Corporation), Xiaowu Wang (Chinese Academy of Agricultural Science) | データソース名 | BRAD: Brassica Database |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41438-018-0071-9 | データソースURL | http://brassicadb.cn |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:99.3%[S:84.8%,D:14.5%],F:0.2%,M:0.5%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:98.0%[S:84.3%,D:13.7%],F:0.5%,M:1.5%,n:1614 |