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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Cucumis sativus var. sativus , Cucumber (var. sativus) , キュウリ (sativus変種)

Cucumis sativus

Genome Assembly ID:t3659.G002

配列名:ChineseLong_genome_v3

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 ChineseLong_genome_v3 系統名 var. sativus, cv. Chinese Long, inbred line 9930
配列数 85 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 226,211,662 N50長 (bp) 31,125,843
遺伝子の数 24,317 遺伝子数由来ファイル ChineseLong_pep_v3.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 24,317 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, 10X, Hi-C 取得した配列量 195.5x
アセンブリ方法 CANU 1.7, Pilon, FALCON 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント 9930 is a highly inbred line.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Zhonghua Zhang ( Chinese Academy of Agricultural Sciences) データソース名 CuGenDB
論文 (DOIコード) 10.1093/gigascience/giz072 データソースURL http://cucurbitgenomics.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.6%[S:97.1%,D:1.5%],F:0.5%,M:0.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.4%[S:93.9%,D:1.5%],F:2.5%,M:2.1%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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