配列名:ASM407v2
ゲノム配列名 | ASM407v2 | 系統名 | var. sativus, cv. Chinese Long, inbred line 9930 |
配列数 | 186 | 染色体数 | 2n = 2x = 14 |
配列長 (bp) | 193,829,320 | N50長 (bp) | 29,076,228 |
遺伝子の数 | 23,780 | 遺伝子数由来ファイル | Cucumis_sativus.ASM407v2.pep.all.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 23,780 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Sanger, Illumina | 取得した配列量 | 72.2x |
アセンブリ方法 | SOAPdenovo v. 1.04 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 350 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | 9930 is a highly inbred line. |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Yongchen Du (Chinese Academy of Agricultural Sciences), Sanwen Huang (ditto), Jun Wang (BGI-Shenzhen), Songgang Li (ditto): Kui Lin(Beijing Normal University) | データソース名 | Ensembl |
論文 (DOIコード) | 10.1038/ng.475:10.1186/1471-2164-12-540 | データソースURL | http://plants.ensembl.org/index.html |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.3%[S:97.5%,D:0.8%],F:0.6%,M:1.1%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:92.0%[S:91.3%,D:0.7%],F:4.8%,M:3.2%,n:1614 |