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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Cucumis sativus var. sativus , Cucumber (var. sativus) , キュウリ (sativus変種)

Cucumis sativus

Genome Assembly ID:t3659.G001

配列名:ASM407v2

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 ASM407v2 系統名 var. sativus, cv. Chinese Long, inbred line 9930
配列数 186 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 193,829,320 N50長 (bp) 29,076,228
遺伝子の数 23,780 遺伝子数由来ファイル Cucumis_sativus.ASM407v2.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 23,780 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Sanger, Illumina 取得した配列量 72.2x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 1.04 推定ゲノムサイズ (Mb) 350
シーケンシングの方法のコメント NA コメント 9930 is a highly inbred line.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Yongchen Du (Chinese Academy of Agricultural Sciences), Sanwen Huang (ditto), Jun Wang (BGI-Shenzhen), Songgang Li (ditto): Kui Lin(Beijing Normal University) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.475:10.1186/1471-2164-12-540 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.3%[S:97.5%,D:0.8%],F:0.6%,M:1.1%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:92.0%[S:91.3%,D:0.7%],F:4.8%,M:3.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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