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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Theobroma cacao , Cacao , カカオ

Theobroma cacao

Genome Assembly ID:t3641.G002

配列名:Tcacao_523_v2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Tcacao_523_v2.0 系統名 Matina 1-6
配列数 82 染色体数 2n = 2x = 20
配列長 (bp) 341,709,215 N50長 (bp) 35,454,299
遺伝子の数 39,991 遺伝子数由来ファイル Tcacao_523_v2.1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 39,991 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio 取得した配列量 69x
アセンブリ方法 MECAT, QUIVER 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Matina 1-6 belongs to the most cultivated cacao type.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Juan C Motamayor (Mars Inc.) データソース名 Cacao Genome Database
論文 (DOIコード) 10.1186/gb-2013-14-6-r53 データソースURL https://www.cacaogenomedb.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.3%[S:97.4%,D:0.9%],F:1.0%,M:0.7%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.4%[S:66.5%,D:32.9%],F:0.2%,M:0.4%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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