配列名:Tcacao_523_v2.0
ゲノム配列名 | Tcacao_523_v2.0 | 系統名 | Matina 1-6 |
配列数 | 82 | 染色体数 | 2n = 2x = 20 |
配列長 (bp) | 341,709,215 | N50長 (bp) | 35,454,299 |
遺伝子の数 | 39,991 | 遺伝子数由来ファイル | Tcacao_523_v2.1.protein.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 39,991 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio | 取得した配列量 | 69x |
アセンブリ方法 | MECAT, QUIVER | 推定ゲノムサイズ (Mb) | NA |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Matina 1-6 belongs to the most cultivated cacao type. |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Juan C Motamayor (Mars Inc.) | データソース名 | Cacao Genome Database |
論文 (DOIコード) | 10.1186/gb-2013-14-6-r53 | データソースURL | https://www.cacaogenomedb.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.3%[S:97.4%,D:0.9%],F:1.0%,M:0.7%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:99.4%[S:66.5%,D:32.9%],F:0.2%,M:0.4%,n:1614 |