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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Theobroma cacao , Cacao , カカオ

Theobroma cacao

Genome Assembly ID:t3641.G001

配列名:Theobroma_cacao_criollo_chr.v2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Theobroma_cacao_criollo_chr.v2.0 系統名 Belizean Criollo, genotype B97-61/B2
配列数 11 染色体数 2n = 2x = 20
配列長 (bp) 324,761,211 N50長 (bp) 36,364,294
遺伝子の数 30,655 遺伝子数由来ファイル Theobroma_cacaoV2_annot_protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 30,655 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBIo 取得した配列量 21x
アセンブリ方法 Newbler 推定ゲノムサイズ (Mb) 430
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Belizean Criollo is a group of relic landraces.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 X. Argout (Centre de cooperation internationale en recherche agronomique pour le developpement (CIRAD)) データソース名 Cacao Genome Hub
論文 (DOIコード) 10.1186/s12864-017-4120-9 データソースURL https://cocoa-genome-hub.southgreen.fr/node/4
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.4%[S:97.8%,D:0.6%],F:1.0%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.7%[S:66.9%,D:32.8%],F:0.1%,M:0.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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