配列名:Theobroma_cacao_criollo_chr.v2.0
ゲノム配列名 | Theobroma_cacao_criollo_chr.v2.0 | 系統名 | Belizean Criollo, genotype B97-61/B2 |
配列数 | 11 | 染色体数 | 2n = 2x = 20 |
配列長 (bp) | 324,761,211 | N50長 (bp) | 36,364,294 |
遺伝子の数 | 30,655 | 遺伝子数由来ファイル | Theobroma_cacaoV2_annot_protein.faa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 30,655 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, PacBIo | 取得した配列量 | 21x |
アセンブリ方法 | Newbler | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 430 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Belizean Criollo is a group of relic landraces. |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | X. Argout (Centre de cooperation internationale en recherche agronomique pour le developpement (CIRAD)) | データソース名 | Cacao Genome Hub |
論文 (DOIコード) | 10.1186/s12864-017-4120-9 | データソースURL | https://cocoa-genome-hub.southgreen.fr/node/4 |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.4%[S:97.8%,D:0.6%],F:1.0%,M:0.6%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:99.7%[S:66.9%,D:32.8%],F:0.1%,M:0.2%,n:1614 |