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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Gossypium hirsutum , Upland cotton , ワタ (hirsutum種), キヌワタ

Gossypium hirsutum

Genome Assembly ID:t3635.G005

配列名:Gossypium_hirsutum_v2.1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Gossypium_hirsutum_v2.1 系統名 acc. TM-1, isolate 1008001.06
配列数 1,027 染色体数 2n = 4x = 52
配列長 (bp) 2,306,070,423 N50長 (bp) 108,141,443
遺伝子の数 111,844 遺伝子数由来ファイル GCF_007990345.1_Gossypium_hirsutum_v2.1_protein.faa.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 111,844 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio Sequel 取得した配列量 94.06x
アセンブリ方法 MECAT 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Jane Grimwood (HudsonAlpha Institute for Biotechnology) データソース名 NCBI
論文 (DOIコード) 10.1038/s41588-020-0614-5 データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:2.7%,D:96.5%],F:0.5%,M:0.2%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.8%[S:4.1%,D:95.7%],F:0.1%,M:0.1%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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