Plant GARDEN
Solanum lycopersicum

Genome Assembly ID:t4081.G001

配列名:SL3.0

ゲノム配列の詳細

学名 Solanum lycopersicum
配列名 SL3.0
系統名 Heinz 1706
アセンブリレベル Chromosome
配列数 13
染色体数 2n=24
配列長 (bp) 828,076,956
N50長 (bp) 66,723,567
シーケンシングの方法 Sanger, Illumina
シーケンシングの方法のコメント NA
取得した配列量 27x
アセンブリ方法 Newbler v. v2.3, BioNano Irysview v. v2.3
推定ゲノムサイズ (Mb) 950
登録者 Solanaceae Genomics Project
論文 (DOIコード) 10.1007/s00122-005-0107-z
コメント NA

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する

その他の配列

配列の種類 ファイル名 ダウンロード コメント

遺伝子 (cds / gene)

ITAG3.2_CDS.fasta.gz

ゲノム

S_lycopersicum_chromosomes.3.00.fa.tar.gz

アノテーション (gff / gff3)

ITAG3.2_gene_models.gff.gz

Hayai Annotation ZEN

hayai_annotation_zen_PlantGARDEN_Kegg.tsv.gz

タンパク (pep / aa)

ITAG3.2_proteins.fasta.gz

トランスクリプト (cDNA / mRNA)

ITAG3.2_cDNA.fasta.gz

;