配列名:TpV8-4
ゲノム配列名 | TpV8-4 | 系統名 | NA |
配列数 | 2,136 | 染色体数 | 2n = 2x = 14 |
配列長 (bp) | 123,600,562 | N50長 (bp) | 6,763,654 |
遺伝子の数 | 27,132 | 遺伝子数由来ファイル | TpV84ORFs.protein |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 27,132 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, 454 | 取得した配列量 | 6x |
アセンブリ方法 | Newbler v. 2.5, ABySS v. 1.2.1, minimus2 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 140 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | The seeds were derived from a single plant propagated from single seeds over eight successive generations. The original accession was collected from a salt lake in Tuz Golu, central Turkey, at an elevation of 905 m above sea level. Synonym: Thellungiella parvula, Eutrema parvulum |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Maheshi Dassanayake (University of Illinois at Urbana-Champaign), Dong-Ha Oh (ditto), Dae-Jin Yun (Gyeongsang National University) | データソース名 | Thellungiella - an extremophile for post-modern molecular genetics |
論文 (DOIコード) | 10.1038/ng.889 | データソースURL | http://thellungiella.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.3%[S:97.3%,D:1.0%],F:0.7%,M:1.0%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:95.9%[S:93.3%,D:2.6%],F:1.9%,M:2.2%,n:1614 |