Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Schrenkiella parvula , Schrenkiella , スクレンキエラ

Schrenkiella parvula

Genome Assembly ID:t98039.G001

配列名:TpV8-4

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 TpV8-4 系統名 NA
配列数 2,136 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 123,600,562 N50長 (bp) 6,763,654
遺伝子の数 27,132 遺伝子数由来ファイル TpV84ORFs.protein
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 27,132 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 454 取得した配列量 6x
アセンブリ方法 Newbler v. 2.5, ABySS v. 1.2.1, minimus2 推定ゲノムサイズ (Mb) 140
シーケンシングの方法のコメント NA コメント The seeds were derived from a single plant propagated from single seeds over eight successive generations. The original accession was collected from a salt lake in Tuz Golu, central Turkey, at an elevation of 905 m above sea level. Synonym: Thellungiella parvula, Eutrema parvulum
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Maheshi Dassanayake (University of Illinois at Urbana-Champaign), Dong-Ha Oh (ditto), Dae-Jin Yun (Gyeongsang National University) データソース名 Thellungiella - an extremophile for post-modern molecular genetics
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.889 データソースURL http://thellungiella.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.3%[S:97.3%,D:1.0%],F:0.7%,M:1.0%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.9%[S:93.3%,D:2.6%],F:1.9%,M:2.2%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット