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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Capsicum chinense , Bonnet pepper , トウガラシ (chinense種)

Capsicum chinense

Genome Assembly ID:t80379.G001

配列名:ASM227189v2

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 ASM227189v2 系統名 isolate PI159236
配列数 87,978 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 3,070,910,353 N50長 (bp) 234,238,532
遺伝子の数 34,974 遺伝子数由来ファイル GCA_002271895.2_ASM227189v2_protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 34,974 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 132.2x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 2.04-r240; SSPACE v. 2.0; Platanus v. 1.2.1 推定ゲノムサイズ (Mb) 3,200
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Doil Choi (Seoul National University) データソース名 NCBI
論文 (DOIコード) 10.1186/s13059-017-1341-9 データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.9%[S:95.9%,D:2.0%],F:1.3%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:80.0%[S:78.3%,D:1.7%],F:8.6%,M:11.4%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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