Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Coffea humblotiana , Coffee (humblotiana) , コーヒー(humblotiana種)

Coffea humblotiana

Genome Assembly ID:t59211.G001

配列名:V1.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 V1.0 系統名 RM-CF-00679 (BM 19/20)
配列数 390 染色体数 2n = 2x = 22
配列長 (bp) 420,721,971 N50長 (bp) 29,629,744
遺伝子の数 32,874 遺伝子数由来ファイル mRNA_Cohum_active_pep_20200923.tfa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio RSCll 63 SMRT cell, Illumina Hiseq2500 取得した配列量 102x
アセンブリ方法 FALCON assembler 推定ゲノムサイズ (Mb) 422
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Romain Guyot (Universidad Autonoma de Manizales), Dominique Crouzillat (Nestle Research-Plant Science Research Unit) データソース名 Sol Genomics Network
論文 (DOIコード) 10.1038/s41598-021-87419-0 データソースURL https://solgenomics.net/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:95.3%[S:93.9%,D:1.4%],F:2.2%,M:2.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:77.3%[S:75.6%,D:1.7%],F:11.9%,M:10.8%,n:1614

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット