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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Arabis alpina , Alpine rock cress , ヤマハタザオ

Arabis alpina

Genome Assembly ID:t50452.G001

配列名:MPIPZ.v5

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 MPIPZ.v5 系統名 cv. Pajares
配列数 926 染色体数 2n = 2x = 16
配列長 (bp) 336,719,365 N50長 (bp) 36,598,175
遺伝子の数 39,815 遺伝子数由来ファイル A_alpina_V4.protein.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 39,815 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 454, Sanger 取得した配列量 86x
アセンブリ方法 Newbler v. 2.9, SSPACE v. 1.2, BAMBUS v. 2.33 推定ゲノムサイズ (Mb) 375
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Korbinian Schneeberger (schneeberger@mpipz.mpg.de), George Coupland (coupland@mpipz.mpg.de) データソース名 Genomic resources for Arabis alpina
論文 (DOIコード) 10.1038/nplants.2014.23 データソースURL http://www.arabis-alpina.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:96.3%,D:3.0%],F:0.4%,M:0.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:96.7%[S:87.9%,D:8.8%],F:1.8%,M:1.5%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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