Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Nicotiana attenuata , Wild tobacco (attenuata), Coyote tobacco , タバコ野生種 (attenuata種), コヨーテタバコ

Nicotiana attenuata

Genome Assembly ID:t49451.G001

配列名:NIATTr2

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 NIATTr2 系統名 ecotype Utah, UT
配列数 37,194 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 2,365,682,703 N50長 (bp) 524,499
遺伝子の数 33,320 遺伝子数由来ファイル Nicotiana_attenuata.NIATTr2.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 33,320 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio, 454 取得した配列量 30x
アセンブリ方法 Celera Assembler v. 7 推定ゲノムサイズ (Mb) 2,500
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Shuqing Xua (Max Planck Institute for Chemical Ecology), Ian T. Baldwin (ditto), Emmanuel Gaquerelb (University of Heidelberg) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1073/pnas.1700073114 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.6%[S:96.2%,D:2.4%],F:0.9%,M:0.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:92.8%[S:90.4%,D:2.4%],F:3.4%,M:3.8%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット