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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Coffea canephora , Robusta coffee , コーヒー ロブスタ種

Coffea canephora

Genome Assembly ID:t49390.G001

配列名:AUK_PRJEB4211_v1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 AUK_PRJEB4211_v1 系統名 DH200-94
配列数 13,007 染色体数 2n = 2x = 22
配列長 (bp) 568,611,505 N50長 (bp) 29,137,935
遺伝子の数 25,574 遺伝子数由来ファイル Coffea_canephora.AUK_PRJEB4211_v1.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 25,574 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 illumina, Roche 454 取得した配列量 24x
アセンブリ方法 NA 推定ゲノムサイズ (Mb) 710
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A doubled-haploid line
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Victor A. Albert (University at Buffalo), Patrick Wincker (Institut de Genomique), Philippe Lashermes (Centre de Cooperation Internationale en Recherche Agronomique pour le Developpement (CIRAD), IRD, UM2)) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1126/science.1255274 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.0%[S:96.8%,D:1.2%],F:1.0%,M:1.0%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:94.2%[S:92.9%,D:1.3%],F:3.8%,M:2.0%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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