Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Hordeum vulgare subsp. spontaneum , Barley, Wild barley (ssp. spontaneum) , オオムギ, シジョウオオムギ, オオムギ野生種 (spontaneum亜種)

Hordeum vulgare

Genome Assembly ID:t4513.G004

配列名:ASM2978261v1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 ASM2978261v1 系統名 EC-S1
配列数 3,224 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 5,110,990,204 N50長 (bp) 668,540,849
遺伝子の数 39,178 遺伝子数由来ファイル EC-S1_pseudomolecules_V1.high_confidence.pep.fasta.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Oxford Nanopore, Hi-C, BioNano optical mapping 取得した配列量 295.6 Gb (ONT), 443.19 Gb (BioNano), 555.1 Gb (Hi-C)
アセンブリ方法 NextDenovo, BioNano Solve package v3.3, LACHESIS, Mummer v4.0 推定ゲノムサイズ (Mb) 4,560
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Hybrid scaffolds were assembled from ONT assembly and BioNano genome maps.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Wenying Zhang (Yangtze University) データソース名 NCBI; Ffigshare
論文 (DOIコード) 10.1038/s41597-023-02434-2 データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_029782615.1/?shouldredirect=false
https://figshare.com/articles/dataset/Annotation_of_two_barley_genome/23501529/1?file=41218167
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.2%[S:83.5%,D:13.7%],F:1.1%,M:1.7%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.6%[S:85.9%,D:9.7%],F:1.2%,M:3.2%,n:1614

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット