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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Hordeum vulgare subsp. spontaneum , Barley, Wild barley (ssp. spontaneum) , オオムギ, シジョウオオムギ, オオムギ野生種 (spontaneum亜種)

Hordeum vulgare

Genome Assembly ID:t4513.G001

配列名:IBSC_v2

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 IBSC_v2 系統名 cv. Morex
配列数 10 染色体数 2n = 2x = 14
配列長 (bp) 4,834,432,680 N50長 (bp) 657,224,000
遺伝子の数 236,301 遺伝子数由来ファイル Hordeum_vulgare.IBSC_v2.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 236,301 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 454 取得した配列量 72x
アセンブリ方法 Velvet v. 1.2.09, MIRA, CLC Assembly Cell v. 4.0.6, SOAPdenovo v. 2.01, ABySS v. 1.5.1, BWA mem v. 0.7.4, SSPACE v. 3.0 Standard 推定ゲノムサイズ (Mb) 5,428
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Nils Stein (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben), Robbie Waugh (The James Hutton Institute), Chengdao Li (Murdoch University), Guoping Zhang (Zhejiang University), Ilka Braumann (Carlsberg Research Laboratory), Manuel Spannagl (Helmholtz Center Munich - German Research Center for Environmental Health) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1038/nature22043 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:95.4%[S:91.2%,D:4.2%],F:2.8%,M:1.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:87.1%[S:14.0%,D:73.1%],F:2.9%,M:10.0%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
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fasta
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