配列名:IBSC_v2
ゲノム配列名 | IBSC_v2 | 系統名 | cv. Morex |
配列数 | 10 | 染色体数 | 2n = 2x = 14 |
配列長 (bp) | 4,834,432,680 | N50長 (bp) | 657,224,000 |
遺伝子の数 | 236,301 | 遺伝子数由来ファイル | Hordeum_vulgare.IBSC_v2.pep.all.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 236,301 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, 454 | 取得した配列量 | 72x |
アセンブリ方法 | Velvet v. 1.2.09, MIRA, CLC Assembly Cell v. 4.0.6, SOAPdenovo v. 2.01, ABySS v. 1.5.1, BWA mem v. 0.7.4, SSPACE v. 3.0 Standard | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 5,428 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Nils Stein (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben), Robbie Waugh (The James Hutton Institute), Chengdao Li (Murdoch University), Guoping Zhang (Zhejiang University), Ilka Braumann (Carlsberg Research Laboratory), Manuel Spannagl (Helmholtz Center Munich - German Research Center for Environmental Health) | データソース名 | Ensembl |
論文 (DOIコード) | 10.1038/nature22043 | データソースURL | http://plants.ensembl.org/index.html |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:95.4%[S:91.2%,D:4.2%],F:2.8%,M:1.8%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:87.1%[S:14.0%,D:73.1%],F:2.9%,M:10.0%,n:1614 |