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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Camellia sinensis var. sinensis , Tea, Black tea, Chinese Oolong tea (var. sinensis) , チャ, チャノキ (sinensis変種)

Camellia sinensis

Genome Assembly ID:t4442.G002

配列名:CSS_ChrLev_20200506

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 CSS_ChrLev_20200506 系統名 cv. Shuchazao
配列数 1,333 染色体数 2n = 2x = 30
配列長 (bp) 2,938,757,831 N50長 (bp) 167,113,155
遺伝子の数 50,525 遺伝子数由来ファイル CSS_ChrLev_20200506_PEP.fas
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 50,525 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBIO, Hi-C, Illumina, 10X 取得した配列量 NA
アセンブリ方法 Falcon, BWA, Pilon, LACHESIS 推定ゲノムサイズ (Mb) 3,000
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Shuchazao is a diploid elite cultivar of C.sinensis var. sinensis, widely planted in Southeast China.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Xiaochun Wan (Anhui Agricultural University), Chaoling Wei (ditto) データソース名 TPIA: Tea Plant Information Archive
論文 (DOIコード) 10.1016/j.molp.2020.04.010 データソースURL http://tpia.teaplant.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:96.4%[S:60.8%,D:35.6%],F:1.2%,M:2.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:89.7%[S:55.1%,D:34.6%],F:4.5%,M:5.8%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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