配列名:CSS_ChrLev_20200506
ゲノム配列名 | CSS_ChrLev_20200506 | 系統名 | cv. Shuchazao |
配列数 | 1,333 | 染色体数 | 2n = 2x = 30 |
配列長 (bp) | 2,938,757,831 | N50長 (bp) | 167,113,155 |
遺伝子の数 | 50,525 | 遺伝子数由来ファイル | CSS_ChrLev_20200506_PEP.fas |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 50,525 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBIO, Hi-C, Illumina, 10X | 取得した配列量 | NA |
アセンブリ方法 | Falcon, BWA, Pilon, LACHESIS | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 3,000 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Shuchazao is a diploid elite cultivar of C.sinensis var. sinensis, widely planted in Southeast China. |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Xiaochun Wan (Anhui Agricultural University), Chaoling Wei (ditto) | データソース名 | TPIA: Tea Plant Information Archive |
論文 (DOIコード) | 10.1016/j.molp.2020.04.010 | データソースURL | http://tpia.teaplant.org/index.html |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:96.4%[S:60.8%,D:35.6%],F:1.2%,M:2.4%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:89.7%[S:55.1%,D:34.6%],F:4.5%,M:5.8%,n:1614 |