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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Camellia sinensis , Tea, black tea , チャ, チャノキ

Camellia sinensis

Genome Assembly ID:t4442.G001

配列名:DASZ

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 DASZ 系統名 wild tea tree 'DASZ'
配列数 1,231 染色体数 2n = 2x = 30
配列長 (bp) 3,112,992,050 N50長 (bp) 204,210,610
遺伝子の数 33,021 遺伝子数由来ファイル DASZ.Protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 33,021 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBIO, illumina, Hi-C 取得した配列量 100x
アセンブリ方法 Falcon v0.3.0, BWA MEM v0.7.16a, Pilon v1.22 推定ゲノムサイズ (Mb) 3,000
シーケンシングの方法のコメント NA コメント DASZ is an ancient tea tree found in wild condition (Mandani Village in Yunnan Province).
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Weiwei Wen (Huazhong Agricultural University) データソース名 figshare database (Assembly and annotation of DASZ genome)
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-020-17498-6 データソースURL https://doi.org/10.6084/m9.figshare.12560462.v1
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.0%[S:87.2%,D:10.8%],F:1.0%,M:1.0%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:83.3%[S:77.8%,D:5.5%],F:7.2%,M:9.5%,n:1614

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染色体 /
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fasta
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