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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Lactuca sativa , Lettuce , レタス

Lactuca sativa

Genome Assembly ID:t4236.G001

配列名:Lsativa_467_v8

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Lsativa_467_v8 系統名 cv. Salinas
配列数 10 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 2,399,509,484 N50長 (bp) 257,910,700
遺伝子の数 62,656 遺伝子数由来ファイル Lsativa_467_v5.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 62,656 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 72x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 2, Hi-Rise v. 1 推定ゲノムサイズ (Mb) 2,500
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Richard W. Michelmore (UC Davis Genome Center) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1038/ncomms14953 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.8%[S:96.5%,D:2.3%],F:0.3%,M:0.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.8%[S:41.1%,D:57.7%],F:0.2%,M:1.0%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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相補鎖を出力する
fasta
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