配列名:Prunus avium Tieton Genome v2.0
ゲノム配列名 | Prunus avium Tieton Genome v2.0 | 系統名 | cv. Tieton |
配列数 | 61 | 染色体数 | 2n = 2x = 16 |
配列長 (bp) | 344,341,978 | N50長 (bp) | 42,624,765 |
遺伝子の数 | 40,338 | 遺伝子数由来ファイル | Prunus_avium_Tieton.proteins.fa.gz |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 0 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, Oxford Nanopore, Hi-C | 取得した配列量 | ~190x (Oxford Nanopore), 136x (Illumina) |
アセンブリ方法 | MaSuRCA v3.3.440, Canu v1.841, wtdbg2 v2.5, NECAT v0.01 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 340.05 (37-nt k-mer) |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Jiawei Wang (Shandong Institute of Pomology), Qingzhong Liu (ditto), Weizhen Liu (Wuhan University of Technology) | データソース名 | GDR: Genome Database For Rosaceae |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41438-020-00343-8. | データソースURL | https://www.rosaceae.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:97.8%[S:91.7%,D:6.1%],F:0.7%,M:1.5%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) |