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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Prunus avium , Sweet cherry , セイヨウミザクラ

Prunus avium

Genome Assembly ID:t42229.G003

配列名:Prunus avium Tieton Genome v2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Prunus avium Tieton Genome v2.0 系統名 cv. Tieton
配列数 61 染色体数 2n = 2x = 16
配列長 (bp) 344,341,978 N50長 (bp) 42,624,765
遺伝子の数 40,338 遺伝子数由来ファイル Prunus_avium_Tieton.proteins.fa.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, Oxford Nanopore, Hi-C 取得した配列量 ~190x (Oxford Nanopore), 136x (Illumina)
アセンブリ方法 MaSuRCA v3.3.440, Canu v1.841, wtdbg2 v2.5, NECAT v0.01 推定ゲノムサイズ (Mb) 340.05 (37-nt k-mer)
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Jiawei Wang (Shandong Institute of Pomology), Qingzhong Liu (ditto), Weizhen Liu (Wuhan University of Technology) データソース名 GDR: Genome Database For Rosaceae
論文 (DOIコード) 10.1038/s41438-020-00343-8. データソースURL https://www.rosaceae.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.8%[S:91.7%,D:6.1%],F:0.7%,M:1.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds)

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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