配列名:Otava haplotype St1
ゲノム配列名 | Otava haplotype St1 | 系統名 | Otava |
配列数 | 22 | 染色体数 | 2n = 4x = 48 |
配列長 (bp) | 774,059,002 | N50長 (bp) | 70,076,311 |
遺伝子の数 | 38,214 | 遺伝子数由来ファイル | St1.prot.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 0 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio HiFi Sequel II | 取得した配列量 | 121.1x |
アセンブリ方法 | hifiasm | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 3,375 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Haplotype genome assembly inherited from 'Stieglitz' one of the parental cultivars of the tetraploid potato Otava |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Korbinian Schneeberger (Max Planck Institute for Plant Breeding Research) | データソース名 | Spud DB Potato Genomics Resource |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41588-022-01015-0 | データソースURL | http://spuddb.uga.edu/index.shtml |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:96.4%[S:94.1%,D:2.3%],F:0.6%,M:3.0%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:89.1%[S:86.9%,D:2.2%],F:2.8%,M:8.1%,n:1614 |