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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum tuberosum , Potato , ジャガイモ

Solanum tuberosum

Genome Assembly ID:t4113.G005

配列名:Otava haplotype He2

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Otava haplotype He2 系統名 Otava
配列数 21 染色体数 2n = 4x = 48
配列長 (bp) 774,679,219 N50長 (bp) 66,510,078
遺伝子の数 38,002 遺伝子数由来ファイル He2.prot.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio HiFi Sequel II 取得した配列量 121.1x
アセンブリ方法 hifiasm 推定ゲノムサイズ (Mb) 3,375
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Haplotype genome assembly inherited from 'Hera' one of the parental cultivars of the tetraploid potato Otava
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Korbinian Schneeberger (Max Planck Institute for Plant Breeding Research) データソース名 Spud DB Potato Genomics Resource
論文 (DOIコード) 10.1038/s41588-022-01015-0 データソースURL http://spuddb.uga.edu/index.shtml
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.1%[S:96.2%,D:1.9%],F:0.6%,M:1.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:90.4%[S:88.0%,D:2.4%],F:3.0%,M:6.6%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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