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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum tuberosum , Potato , ジャガイモ

Solanum tuberosum

Genome Assembly ID:t4113.G003

配列名:DM_1-3_516_R44_potato_genome_assembly.v6.1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 DM_1-3_516_R44_potato_genome_assembly.v6.1 系統名 DM1-3 516 R44
配列数 288 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 741,585,035 N50長 (bp) 59,670,755
遺伝子の数 32,917 遺伝子数由来ファイル DM_1-3_516_R44_potato.v6.1.repr_hc_gene_models.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 32,917 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, Nanopore, Hi-C 取得した配列量 45x
アセンブリ方法 Flye v2.5, Racon v1.3.2, Nanopolish v0.11.1, Pilon v1.23 推定ゲノムサイズ (Mb) 844
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 C. Robin Buell (Michigan State University) データソース名 Spud DB Potato Genomics Resource
論文 (DOIコード) 10.1093/gigascience/giaa100 データソースURL http://potato.plantbiology.msu.edu/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.4%[S:97.5%,D:1.9%],F:0.2%,M:0.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:92.9%[S:91.3%,D:1.6%],F:5.0%,M:2.1%,n:1614

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染色体 /
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fasta
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