配列名:DM_1-3_516_R44_potato_genome_assembly.v6.1
ゲノム配列名 | DM_1-3_516_R44_potato_genome_assembly.v6.1 | 系統名 | DM1-3 516 R44 |
配列数 | 288 | 染色体数 | 2n = 2x = 24 |
配列長 (bp) | 741,585,035 | N50長 (bp) | 59,670,755 |
遺伝子の数 | 32,917 | 遺伝子数由来ファイル | DM_1-3_516_R44_potato.v6.1.repr_hc_gene_models.pep.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 32,917 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, Nanopore, Hi-C | 取得した配列量 | 45x |
アセンブリ方法 | Flye v2.5, Racon v1.3.2, Nanopolish v0.11.1, Pilon v1.23 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 844 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | C. Robin Buell (Michigan State University) | データソース名 | Spud DB Potato Genomics Resource |
論文 (DOIコード) | 10.1093/gigascience/giaa100 | データソースURL | http://potato.plantbiology.msu.edu/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:99.4%[S:97.5%,D:1.9%],F:0.2%,M:0.4%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:92.9%[S:91.3%,D:1.6%],F:5.0%,M:2.1%,n:1614 |