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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum tuberosum , Potato , ジャガイモ

Solanum tuberosum

Genome Assembly ID:t4113.G001

配列名:DM_v4.03

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 DM_v4.03 系統名 DM1-3 516 R44
配列数 13 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 773,029,432 N50長 (bp) 59,756,223
遺伝子の数 56,215 遺伝子数由来ファイル Stuberosum_448_v4.03.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 56,215 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Sanger, Illumina, 454 取得した配列量 NA
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 1014, SOAP 2.20, SSAHA2 推定ゲノムサイズ (Mb) 954
シーケンシングの方法のコメント NA コメント DM1-3 516 R44 resulted from chromosome doubling of a monoploid(1n=12) derived by anther culture of a heterozygous diploid (2n=24) S. tuberosum group Phureja clone (PI 225669). It is weakly growing, flowering, and hardly produces any tubers.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Glenn J. Bryan (The James Hutton Institute) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1534/g3.113.007153 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:97.6%,D:1.7%],F:0.3%,M:0.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:74.6%[S:53.5%,D:21.1%],F:5.6%,M:19.8%,n:1614

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染色体 /
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fasta
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