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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum chacoense , Chaco potato, Wild potato , ジャガイモ野生種 (chacoense種)

Solanum chacoense

Genome Assembly ID:t4108.G001

配列名:M6_v4.1_PM

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 M6_v4.1_PM 系統名 M6
配列数 13 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 867,067,562 N50長 (bp) 49,944,156
遺伝子の数 37,740 遺伝子数由来ファイル pasa_m6.hc.gene_models.repr.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 37,740 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina HiSeq 2500 取得した配列量 NA
アセンブリ方法 ALLPATHS遯カ莨クG (v.51828), GapCloser (v.1.12r6) 推定ゲノムサイズ (Mb) 882
シーケンシングの方法のコメント NA コメント M6 is a diploid inbred clone of the high遯カ霄ォlycoalkaloid遯カ螢ャroducing tuber遯カ閾」earing potato species Solanum chacoense.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 C. Robin Buell (Michigan State University) データソース名 Spud DB Potato Genomics Resource
論文 (DOIコード) 10.1111/tpj.13857 データソースURL http://potato.plantbiology.msu.edu/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.8%[S:96.1%,D:2.7%],F:0.6%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:93.7%[S:90.8%,D:2.9%],F:4.2%,M:2.1%,n:1614

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染色体 /
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fasta
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