Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Nicotiana tabacum var. K326 , Tobacco (var. K326) , タバコ (K326変種)

Nicotiana tabacum

Genome Assembly ID:t4097.G001

配列名:Nitab4.5

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Nitab4.5 系統名 var. K326; PI552505
配列数 24 染色体数 2n = 4x = 48
配列長 (bp) 2,924,271,002 N50長 (bp) 116,194,611
遺伝子の数 69,500 遺伝子数由来ファイル Nitab-v4.5_proteins_Edwards2017.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina HiSeq 2500 取得した配列量 17x
アセンブリ方法 gsAs- sembler v2.8 推定ゲノムサイズ (Mb) 450
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Kieron Edwards (British American Tobacco) データソース名 the Solanaceae Genomics Network , NCBI
論文 (DOIコード) 10.1186/s12864-017-3791-6 データソースURL https://solgenomics.net/organism/Nicotiana_tabacum/genome and ftp: ftp://ftp.sgn.cornell.edu/genomes/Nicotiana_tabacum/ edwards_et_al_2017/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:83.4%[S:57.6%,D:25.8%],F:2.7%,M:13.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.4%[S:25.3%,D:70.1%],F:2.9%,M:1.7%,n:1614

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット