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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum pimpinellifolium , Wild tomato (pimpinellifolium) , トマト野生種 (pimpinellifolium種)

Solanum pimpinellifolium

Genome Assembly ID:t4084.G001

配列名:SPI_r1.1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 SPI_r1.1 系統名 LA1670
配列数 14 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 808,801,754 N50長 (bp) 66,552,494
遺伝子の数 71,945 遺伝子数由来ファイル SPI_r1.1.pep.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 71,945 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio 取得した配列量 98x
アセンブリ方法 Falcon_Unzip 推定ゲノムサイズ (Mb) 786
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Tohru Ariizumi (University of Tsukuba) データソース名 Plant GARDEN
論文 (DOIコード) 10.1093/dnares/dsaa029 データソースURL https://plantgarden.jp
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.5%[S:96.8%,D:0.7%],F:1.0%,M:1.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:82.3%[S:80.2%,D:2.1%],F:7.4%,M:10.3%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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