Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Capsicum annuum var. glabriusculum , Wild chili pepper (glabriusculum), Chiltepin , トウガラシ野生種 (glabriusculum変種)

Capsicum annuum

Genome Assembly ID:t4072.G001

配列名:Capsicum.annuum.var.glabriusculum_Chiltepin_Release_2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Capsicum.annuum.var.glabriusculum_Chiltepin_Release_2.0 系統名 var. glabriusculum, common-name Chiltepin
配列数 13 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 3,528,040,346 N50長 (bp) 229,064,124
遺伝子の数 34,476 遺伝子数由来ファイル Capsicum.annuum.var.glabriusculum_Chiltepin_v2.0_PEP.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 34,476 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 66x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 1.06 推定ゲノムサイズ (Mb) 3,070
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Luis Herrera-Estrella (Centro de Investigacion y de Estudios Avanzados del Instituto Politecnico Nacional), Ye Yin (Beijing Genomics Institute-Shenzhen), Jiping Yu (Zunyi Academy of Agricultural Sciences), Kailin Hu (South China Agricultural University), Z データソース名 Pepper Genome Database website
論文 (DOIコード) 10.1073/pnas.1400975111 データソースURL http://peppersequence.genomics.cn
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.0%[S:94.7%,D:2.3%],F:1.9%,M:1.1%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:78.5%[S:75.5%,D:3.0%],F:10.6%,M:10.9%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット