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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Daucus carota , Carrot , ニンジン

Daucus carota

Genome Assembly ID:t4039.G001

配列名:Dcarota_388_v2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Dcarota_388_v2.0 系統名 DH1
配列数 4,826 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 421,502,825 N50長 (bp) 36,610,139
遺伝子の数 32,118 遺伝子数由来ファイル Dcarota_388_v2.0.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 32,118 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 454, Sanger 取得した配列量 186x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 2.04, GapCloser for SOAPdenovo v. 1.12, integration with linkage maps v. NOV-2013 推定ゲノムサイズ (Mb) 473
シーケンシングの方法のコメント NA コメント An orange, doubled-haploid, Nantes-type carrot
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Philipp Simon (University of Wisconsin_Madison) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.3565 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.5%[S:94.3%,D:4.2%],F:0.7%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:85.4%[S:81.7%,D:3.7%],F:6.1%,M:8.5%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
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fasta
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