配列名:Dcarota_388_v2.0
ゲノム配列名 | Dcarota_388_v2.0 | 系統名 | DH1 |
配列数 | 4,826 | 染色体数 | 2n = 2x = 18 |
配列長 (bp) | 421,502,825 | N50長 (bp) | 36,610,139 |
遺伝子の数 | 32,118 | 遺伝子数由来ファイル | Dcarota_388_v2.0.protein.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 32,118 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, 454, Sanger | 取得した配列量 | 186x |
アセンブリ方法 | SOAPdenovo v. 2.04, GapCloser for SOAPdenovo v. 1.12, integration with linkage maps v. NOV-2013 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 473 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | An orange, doubled-haploid, Nantes-type carrot |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Philipp Simon (University of Wisconsin_Madison) | データソース名 | Phytozome |
論文 (DOIコード) | 10.1038/ng.3565 | データソースURL | https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.5%[S:94.3%,D:4.2%],F:0.7%,M:0.8%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:85.4%[S:81.7%,D:3.7%],F:6.1%,M:8.5%,n:1614 |