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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Panicum virgatum , Switchgrass , スイッチグラス

Panicum virgatum

Genome Assembly ID:t38727.G001

配列名:P.virgatum_v5

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 P.virgatum_v5 系統名 AP13
配列数 627 染色体数 2n=4x=36,2n=6x=54,2n=8x=72
配列長 (bp) 1,129,997,604 N50長 (bp) 64,346,616
遺伝子の数 84,836 遺伝子数由来ファイル GCF_016808335.1_P.virgatum_v5_protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PACBIO 取得した配列量 177.12x(Illumina), 83.42x(PacBio)
アセンブリ方法 MECAT 推定ゲノムサイズ (Mb) 1,200
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 John T.Lovell(Jerry Jenkins Genome Sequencing Center), Thomas E.Juenger(University of Texas at Austin), Jeremy Schmutz(Genome Sequencing Center, HudsonAlpha Institute for Biotechnology; Department of Energy Joint Genome Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory) データソース名 NCBI
論文 (DOIコード) 10.1038/s41586-020-03127-1 データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.3%[S:13.3%,D:86.0%],F:0.4%,M:0.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.8%[S:8.7%,D:91.1%],F:0.1%,M:0.1%,n:1614

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fasta
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