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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Glycine soja , Wild soybean (soja) , ダイズ野生種 (soja種), ツルマメ

Glycine soja

Genome Assembly ID:t3848.G001

配列名:W05.gnm1.SVL1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 W05.gnm1.SVL1 系統名 W05
配列数 1,118 染色体数 2n = 2x = 40
配列長 (bp) 1,013,211,804 N50長 (bp) 50,696,784
遺伝子の数 89,477 遺伝子数由来ファイル glyso.W05.gnm1.ann1.T47J.protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 89,477 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio 取得した配列量 77x
アセンブリ方法 MECAT v. Aug-2017 推定ゲノムサイズ (Mb) 1,000
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Ting-Fung Chan (Chinese University of Hong Kong), Hon-Ming Lam (ditto) データソース名 SoyBase
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-019-09142-9 データソースURL https://www.soybase.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.6%[S:42.3%,D:57.3%],F:0.2%,M:0.2%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.7%[S:25.8%,D:72.9%],F:1.1%,M:0.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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