Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Malus x domestica , Apple , リンゴ, セイヨウリンゴ

Malus x domestica

Genome Assembly ID:t3750.G002

配列名:Malus_x_domestica_HFTH1_v1.0.a1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Malus_x_domestica_HFTH1_v1.0.a1 系統名 HFTH1
配列数 18 染色体数 2n = 2x = 34
配列長 (bp) 660,495,220 N50長 (bp) 37,138,690
遺伝子の数 44,677 遺伝子数由来ファイル HFTH1.gene.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 44,677 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio 取得した配列量 100x
アセンブリ方法 FALCON v. 0.4 推定ゲノムサイズ (Mb) 750
シーケンシングの方法のコメント NA コメント An anther-derived trihaploid Hanfu line. Hanfu (Dongguang x Fuji) is a very influential cultivar in China.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Depeng Wang (Nextomics Biosciences Institute), Peihua Cong(Chinese Academy of Agricultural Science) データソース名 GDR: Genome Database For Rosaceae
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-019-09518-x データソースURL https://www.rosaceae.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.7%[S:62.1%,D:36.6%],F:0.7%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:94.9%[S:64.0%,D:30.9%],F:1.2%,M:3.9%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット