Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Malus x domestica , Apple , リンゴ, セイヨウリンゴ

Malus x domestica

Genome Assembly ID:t3750.G001

配列名:Mdomestica_491_GDDH13v1.1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Mdomestica_491_GDDH13v1.1 系統名 GDDH13
配列数 18 染色体数 2n = 2x = 34
配列長 (bp) 709,561,391 N50長 (bp) 37,604,908
遺伝子の数 45,116 遺伝子数由来ファイル Mdomestica_491_v1.1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 45,116 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio, BioNano 取得した配列量 700x
アセンブリ方法 DBG2OLC v. 2016-05, SOAPdenovo2 v. 2016-05, BESST v. 2016-05, BioNano hybrid assembly v. 2016-05 推定ゲノムサイズ (Mb) 750
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A dihaploid 'Golden Delicious' derivative
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Riccardo Velasco (Foundation Edmund Mach) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.654 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.9%[S:62.3%,D:35.6%],F:0.8%,M:1.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:96.7%[S:65.2%,D:31.5%],F:1.4%,M:1.9%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット