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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Fragaria x ananassa , Strawberry , イチゴ, オランダイチゴ

Fragaria x ananassa

Genome Assembly ID:t3747.G002

配列名:Fragaria x ananassa Camarosa genome assembly v1.0

ゲノム配列の詳細

配列名 Fragaria x ananassa Camarosa genome assembly v1.0 系統名 cv. Camarosa
配列数 28 染色体数 2n = 8x = 56
配列長 (bp) 805,488,706 N50長 (bp) 27,809,139
遺伝子の数 108,087 遺伝子数由来ファイル Fxa_v1.2_makerStandard_proteins_woTposases_mod.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 108,087 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 10X, PacBio 取得した配列量 615x
アセンブリ方法 DenovoMAGIC3, HiRise pipeline, PBJelly 推定ゲノムサイズ (Mb) 813
シーケンシングの方法のコメント コメント
論文 (DOIコード) 10.1038/s41588-019-0356-4 責任著者 Patrick P. Edger (Michigan State University), Steven J. Knapp (University of California–Davis)
データソース名 GDR: Genome Database For Rosaceae データソースURL https://www.rosaceae.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.4%[S:4.2%,D:95.2%],F:0.2%,M:0.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:97.4%[S:9.1%,D:88.3%],F:0.9%,M:1.7%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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