Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Citrus maxima , Pummelo, Pomelo , ブンタン, ザボン

Citrus maxima

Genome Assembly ID:t37334.G001

配列名:C.maxima_v1_HWB.chromosome

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 C.maxima_v1_HWB.chromosome 系統名 NA
配列数 10 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 345,779,982 N50長 (bp) 40,395,599
遺伝子の数 42,886 遺伝子数由来ファイル C.maxima_v1_HWB.peptide.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 42,886 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio 取得した配列量 426x
アセンブリ方法 HGAP v. 2.3 推定ゲノムサイズ (Mb) 380
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Qiang Xu (Huazhong Agricultural University) データソース名 Citrus Genome Database
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.3839 データソースURL https://www.citrusgenomedb.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.4%[S:97.0%,D:1.4%],F:1.1%,M:0.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.4%[S:65.8%,D:29.6%],F:1.9%,M:2.7%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット