配列名:Brassica_oleracea_capitata_v3_1
ゲノム配列名 | Brassica_oleracea_capitata_v3_1 | 系統名 | var. capitata, double-haploid line D134, Cabbage |
配列数 | 682 | 染色体数 | 2n = 2x = 18 |
配列長 (bp) | 574,907,288 | N50長 (bp) | 57,729,012 |
遺伝子の数 | 43,868 | 遺伝子数由来ファイル | Brassica_oleracea_capitata_D134-protein.fa.gz |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 43,868 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio, 10x, Hi-C, illumina | 取得した配列量 | 98x |
アセンブリ方法 | ALLPATHS-LG, PBcR wgs8.3rc1, FALCON, Quiver, Pilon, BWA-MEM | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 660 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | Cabbage double-haploid line D134, with excellent horticultural characteristics including early maturity, green leaf color, and high resistance to Fusarium wilt, has been used constantly in cabbage breeding. |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Yangyong Zhang (Ministry of Agriculture), Limei Yang(ditto) | データソース名 | CNGBdb: China National GeneBank DataBase |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41598-020-69389-x | データソースURL | https://db.cngb.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:99.5%[S:84.0%,D:15.5%],F:0.2%,M:0.3%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:96.7%[S:82.7%,D:14.0%],F:1.0%,M:2.3%,n:1614 |