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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Brassica oleracea var. capitata , Cabbage , キャベツ (capitata変種)

Brassica oleracea

Genome Assembly ID:t3712.G004

配列名:Brassica_oleracea_capitata_v3_1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Brassica_oleracea_capitata_v3_1 系統名 var. capitata, double-haploid line D134, Cabbage
配列数 682 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 574,907,288 N50長 (bp) 57,729,012
遺伝子の数 43,868 遺伝子数由来ファイル Brassica_oleracea_capitata_D134-protein.fa.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 43,868 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, 10x, Hi-C, illumina 取得した配列量 98x
アセンブリ方法 ALLPATHS-LG, PBcR wgs8.3rc1, FALCON, Quiver, Pilon, BWA-MEM 推定ゲノムサイズ (Mb) 660
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Cabbage double-haploid line D134, with excellent horticultural characteristics including early maturity, green leaf color, and high resistance to Fusarium wilt, has been used constantly in cabbage breeding.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Yangyong Zhang (Ministry of Agriculture), Limei Yang(ditto) データソース名 CNGBdb: China National GeneBank DataBase
論文 (DOIコード) 10.1038/s41598-020-69389-x データソースURL https://db.cngb.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.5%[S:84.0%,D:15.5%],F:0.2%,M:0.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:96.7%[S:82.7%,D:14.0%],F:1.0%,M:2.3%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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