Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Brassica napus , Rapeseed , セイヨウアブラナ

Brassica napus

Genome Assembly ID:t3708.G002

配列名:Darmor-bzh_v10

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Darmor-bzh_v10 系統名 cv. Darmor-bzh
配列数 237 染色体数 2n = 4x = 38
配列長 (bp) 923,795,763 N50長 (bp) 50,218,839
遺伝子の数 108,190 遺伝子数由来ファイル BnapusDarmor-bzh_proteins.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 108,190 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, Nanopore 取得した配列量 93x
アセンブリ方法 Redbean v2.3, SMARTdenovo, Flye v2.4.2, Bionano Solve Pipeline version 3.3, Bionano Access version 1.3, BiSCoT 推定ゲノムサイズ (Mb) 862
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A French winter variety
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Mathieu Rousseau-Gueutin (Universite de Rennes), Jean-Marc Aury(Universite Paris-Saclay) データソース名 Chromosome-scale assemblies of plant genomes
論文 (DOIコード) 10.1093/gigascience/giaa137 データソースURL http://www.genoscope.cns.fr/externe/plants
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.5%[S:6.0%,D:93.5%],F:0.1%,M:0.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.1%[S:6.6%,D:91.5%],F:0.5%,M:1.4%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット