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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Populus trichocarpa , Poplar , ポプラ (trichocarpa種), ブラックコットンウッド

Populus trichocarpa

Genome Assembly ID:t3694.G001

配列名:Pop_tri_v4.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Pop_tri_v4.0 系統名 Nisqually-1
配列数 46 染色体数 2n = 2x = 38
配列長 (bp) 392,162,179 N50長 (bp) 21,678,634
遺伝子の数 52,400 遺伝子数由来ファイル Ptrichocarpa_533_v4.1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 52,400 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, Sanger 取得した配列量 8x
アセンブリ方法 ARACHNE_modified v. 200721016 推定ゲノムサイズ (Mb) 485
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 G. A. Tuskan (Oak Ridge National Laboratory) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1126/science.1128691 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.8%[S:82.4%,D:16.4%],F:0.5%,M:0.7%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.2%[S:60.8%,D:38.4%],F:0.2%,M:0.6%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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