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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Cucurbita moschata , Tropical pumpkin, Tropical squash , カボチャ東洋種, ニホンカボチャ

Cucurbita moschata

Genome Assembly ID:t3662.G001

配列名:Cmoschata_v1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Cmoschata_v1 系統名 cv. Rifu
配列数 21 染色体数 2n = 2x = 40
配列長 (bp) 273,422,085 N50長 (bp) 12,190,726
遺伝子の数 32,205 遺伝子数由来ファイル Cmoschata_v1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 32,205 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 215.5x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 2.04 推定ゲノムサイズ (Mb) 372
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Shan Wu (Cornell University), Zhangjun Fei (ditto), Yong Xu (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement) データソース名 CuGenDB
論文 (DOIコード) 10.1016/j.molp.2017.09.003 データソースURL http://cucurbitgenomics.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.7%[S:83.3%,D:15.4%],F:0.4%,M:0.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:94.5%[S:80.7%,D:13.8%],F:2.9%,M:2.6%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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