配列名:CM3.6.1_pseudomol
ゲノム配列名 | CM3.6.1_pseudomol | 系統名 | DHL92 |
配列数 | 13 | 染色体数 | 2n = 2x = 24 |
配列長 (bp) | 417,002,282 | N50長 (bp) | 34,318,044 |
遺伝子の数 | 29,980 | 遺伝子数由来ファイル | CM4.0_protein.fasta |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 29,980 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, 454, Sanger | 取得した配列量 | 13.52x |
アセンブリ方法 | Newbler 2.5 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 450 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | A double-haploid line, derived from the cross between PI 161375 (Songwhan Charmi, spp. agrestis) and the 'Piel de Sapo' T111 line (ssp. inodorus) |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Jordi Garcia-Mas (Centre for Research in Agricultural Genomics Consejo Superior de Investigaciones Cientificas-Institut deRecerca i Tecnologia Agroalimentaries-Universitat Autonoma de Barcelona-Universitat de Barcelona), Pere Puigdomenech (ditto) | データソース名 | CuGenDB |
論文 (DOIコード) | 10.1073/pnas.1205415109 | データソースURL | http://cucurbitgenomics.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.2%[S:97.0%,D:1.2%],F:1.1%,M:0.7%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:90.2%[S:89.0%,D:1.2%],F:6.3%,M:3.5%,n:1614 |