配列名:WCG_chromosome_v2
ゲノム配列名 | WCG_chromosome_v2 | 系統名 | cv. Charleston Gray |
配列数 | 12 | 染色体数 | 2n = 2x = 22 |
配列長 (bp) | 404,611,775 | N50長 (bp) | 33,982,080 |
遺伝子の数 | 22,546 | 遺伝子数由来ファイル | WCG_protein_v2.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 22,546 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina | 取得した配列量 | 228x |
アセンブリ方法 | SOAPdenovo v. 2 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 425 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Zhangjun Fei (Cornell University), Amnon Levi (U.S. Vegetable Laboratory) | データソース名 | CuGenDB |
論文 (DOIコード) | 10.1111/pbi.13136 | データソースURL | http://cucurbitgenomics.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:99.1%[S:97.6%,D:1.5%],F:0.1%,M:0.8%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:90.9%[S:89.2%,D:1.7%],F:4.2%,M:4.9%,n:1614 |