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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Actinidia chinensis , Kiwifruit (chinensis) , キウイフルーツ (chinensis種)

Actinidia chinensis

Genome Assembly ID:t3625.G002

配列名:Hongyang_genome_v3.0_update

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Hongyang_genome_v3.0_update 系統名 female of cv. Hong Yang
配列数 1,720 染色体数 2n = 2x = 58
配列長 (bp) 653,926,268 N50長 (bp) 19,959,221
遺伝子の数 40,466 遺伝子数由来ファイル Hongyang_pep_v3.0.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 40,466 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, Hi-C 取得した配列量 116x
アセンブリ方法 Canu v. 1.5, Falcon v 0.7, WTDBG v. 1.2.8, Quickmerge 推定ゲノムサイズ (Mb) 638
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A heterozygous kiwifruit, 遯カ霍ッongyang遯カ
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Jianquan Liu (1.Sichuan University, 2.Lanzhou University) データソース名 Kiwifruit Genome Database
論文 (DOIコード) 10.1038/s41438-019-0202-y データソースURL http://kiwifruitgenome.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:96.4%[S:78.4%,D:18.0%],F:1.5%,M:2.1%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:87.3%[S:76.3%,D:11.0%],F:5.9%,M:6.8%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
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fasta
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