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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Actinidia chinensis , Kiwifruit (chinensis) , キウイフルーツ (chinensis種)

Actinidia chinensis

Genome Assembly ID:t3625.G001

配列名:Red5_PS1_1.69.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Red5_PS1_1.69.0 系統名 Red5
配列数 1,234 染色体数 2n = 2x = 58
配列長 (bp) 553,842,477 N50長 (bp) 18,944,233
遺伝子の数 33,115 遺伝子数由来ファイル Actinidia_chinensis.Red5_PS1_1.69.0.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 33,115 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, 454 取得した配列量 NA
アセンブリ方法 Anytag v. 2.5.2, Newbler v. 2.9, SSPACE2 推定ゲノムサイズ (Mb) 758
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A diploid F3 sibcross individual Red5, with a predicted inbreeding coefficient of 37.5%.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Robert J. Schaffer (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd (PFR)) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1186/s12864-018-4656-3 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.0%[S:72.7%,D:25.3%],F:1.4%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:94.8%[S:74.4%,D:20.4%],F:2.3%,M:2.9%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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