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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Ipomoea triloba , Wild sweet potato (triloba), Littlebell , サツマイモ野生種 (triloba種), ホシアサガオ

Ipomoea triloba

Genome Assembly ID:t35885.G001

配列名:NSP323_triloba_chr_v3

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 NSP323_triloba_chr_v3 系統名 cv. NCNSP0323
配列数 16 染色体数 2n = 2x = 30
配列長 (bp) 461,841,941 N50長 (bp) 29,809,665
遺伝子の数 47,091 遺伝子数由来ファイル NSP323_triloba_v3.hc.gene_models.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 47,091 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBIO 取得した配列量 290.0x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. v2; SSPACE v. v2.0; PBJelly v. v15.8.24; Pilon v. v1.13 推定ゲノムサイズ (Mb) 496
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 C. Robin Buell (Michigan State University), Zhangjun Fei (USDA-ARS Robert W. Holley Center for Agriculture and Health) データソース名 Sweetpotato Genomics Resource
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-018-06983-8 データソースURL http://sweetpotato.plantbiology.msu.edu/index.shtml
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.6%[S:93.9%,D:4.7%],F:0.6%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:96.6%[S:60.2%,D:36.4%],F:1.4%,M:2.0%,n:1614

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染色体 /
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fasta
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