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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Ipomoea trifida , Wild sweet potato (trifida) , サツマイモ野生種 (trifida種)

Ipomoea trifida

Genome Assembly ID:t35884.G001

配列名:NSP306_trifida_chr_v3

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 NSP306_trifida_chr_v3 系統名 cv. NCNSP0306
配列数 16 染色体数 2n = 2x = 30
配列長 (bp) 492,382,517 N50長 (bp) 26,165,527
遺伝子の数 44,158 遺伝子数由来ファイル NSP306_trifida_v3.hc.gene_models.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 44,158 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio, BioNano 取得した配列量 199x
アセンブリ方法 SOAPdenovo2, Platanus v. 1.2.1, PBJelly v. 15.8.24, Pilon v. 1.13 推定ゲノムサイズ (Mb) 520
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 C. Robin Buell (Michigan State University), Zhangjun Fei (Cornell University) データソース名 Sweetpotato Genomics Resource
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-018-06983-8 データソースURL http://sweetpotato.plantbiology.msu.edu/index.shtml
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.6%[S:93.2%,D:5.4%],F:0.6%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.7%[S:63.4%,D:32.3%],F:2.0%,M:2.3%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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