配列名:NSP306_trifida_chr_v3
ゲノム配列名 | NSP306_trifida_chr_v3 | 系統名 | cv. NCNSP0306 |
配列数 | 16 | 染色体数 | 2n = 2x = 30 |
配列長 (bp) | 492,382,517 | N50長 (bp) | 26,165,527 |
遺伝子の数 | 44,158 | 遺伝子数由来ファイル | NSP306_trifida_v3.hc.gene_models.pep.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 44,158 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, PacBio, BioNano | 取得した配列量 | 199x |
アセンブリ方法 | SOAPdenovo2, Platanus v. 1.2.1, PBJelly v. 15.8.24, Pilon v. 1.13 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 520 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | C. Robin Buell (Michigan State University), Zhangjun Fei (Cornell University) | データソース名 | Sweetpotato Genomics Resource |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41467-018-06983-8 | データソースURL | http://sweetpotato.plantbiology.msu.edu/index.shtml |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.6%[S:93.2%,D:5.4%],F:0.6%,M:0.8%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:95.7%[S:63.4%,D:32.3%],F:2.0%,M:2.3%,n:1614 |