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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Marchantia polymorpha subsp. ruderalis , Umbrella liverwort , ゼニゴケ (ruderalis亜種)

Marchantia polymorpha

Genome Assembly ID:t3197.G001

配列名:Mpolymorpha_320_v3.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Mpolymorpha_320_v3.0 系統名 subsp. ruderalis, A single clonal female
配列数 2,957 染色体数 n = x = 9
配列長 (bp) 225,761,139 N50長 (bp) 1,366,373
遺伝子の数 24,674 遺伝子数由来ファイル Mpolymorpha_320_v3.1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 24,674 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, ABI 取得した配列量 26.74x
アセンブリ方法 ARACHNE_modified v. 200721016 推定ゲノムサイズ (Mb) 280
シーケンシングの方法のコメント NA コメント A single clonal female derived from backcross 4 between a male Takaragaike-1 (Tak-1) line and a femaleTakaragaike-2 (Tak-2) line (GenBank BioSample: SAMN02199054)
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 John L.Bowman (Monash University), Takayuki Kohchi (Kyoto University), Katsuyuki Yamato (Kindai University) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1016/j.cell.2017.09.030 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:79.6%[S:78.2%,D:1.4%],F:5.5%,M:14.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:87.4%[S:68.8%,D:18.6%],F:1.2%,M:11.4%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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