配列名:Mpolymorpha_320_v3.0
ゲノム配列名 | Mpolymorpha_320_v3.0 | 系統名 | subsp. ruderalis, A single clonal female |
配列数 | 2,957 | 染色体数 | n = x = 9 |
配列長 (bp) | 225,761,139 | N50長 (bp) | 1,366,373 |
遺伝子の数 | 24,674 | 遺伝子数由来ファイル | Mpolymorpha_320_v3.1.protein.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 24,674 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, ABI | 取得した配列量 | 26.74x |
アセンブリ方法 | ARACHNE_modified v. 200721016 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 280 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | A single clonal female derived from backcross 4 between a male Takaragaike-1 (Tak-1) line and a femaleTakaragaike-2 (Tak-2) line (GenBank BioSample: SAMN02199054) |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | John L.Bowman (Monash University), Takayuki Kohchi (Kyoto University), Katsuyuki Yamato (Kindai University) | データソース名 | Phytozome |
論文 (DOIコード) | 10.1016/j.cell.2017.09.030 | データソースURL | https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:79.6%[S:78.2%,D:1.4%],F:5.5%,M:14.9%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:87.4%[S:68.8%,D:18.6%],F:1.2%,M:11.4%,n:1614 |