Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Gossypium raimondii , Wild cotton (raimondii) , ワタ野生種 (raimondii種)

Gossypium raimondii

Genome Assembly ID:t29730.G001

配列名:Graimondii_221_v2.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Graimondii_221_v2.0 系統名 NA
配列数 1,033 染色体数 2n = 2x = 26
配列長 (bp) 761,406,121 N50長 (bp) 62,175,169
遺伝子の数 77,267 遺伝子数由来ファイル Graimondii_221_v2.1.protein.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 77,267 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 ABI 取得した配列量 19.7x
アセンブリ方法 ARACHNE v. 20071016_modified 推定ゲノムサイズ (Mb) 880
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Andrew H. Paterson (University of Georgia), Jeremy Schmutz (Department of Energy Joint Genome Institute) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1038/nature11798 データソースURL https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.1%[S:92.3%,D:6.8%],F:0.5%,M:0.4%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.1%[S:38.9%,D:60.2%],F:0.4%,M:0.5%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット